百家人杰地灵，历史悠久，据说远古时期就有神鸟凤凰栖息生存于此，可见自然环境之得天独厚，有凤鸣得天下祥和的传说。
东周时期立村
清水县有很多各具特色的知名古村落，这些村落因历史、规模以及历史文化底蕴深厚被人熟知。其中，位于清水县东部的百家村是现今清水最大的村落之一，据史料记载的历史已有1000多年，七十年代末，百家村曾出土西汉和东周时期的文物，据此证明早在东周时就以形成村落。虽历经战火洗礼和时光变迁，但是村中古巷道、古城墙遗址、古堡、古庙、等遗迹依然诉说着百家村的风霜，沉淀了深厚的文化底蕴。
清乾隆六十年《清水县志》百家位置图
春秋战国时期，百家是一个重要的驿站，很长一段时间里是过往商客歇脚和停靠的地方。“先有百家站,后有清水县”的说法就源于此。
刘宋大明二年,即北魏太安四年(公元458年),宋将殷效宗筑城于百家村。北魏和刘宋两国交战,北魏大破宋军,收复清水,该城被毁。战后,北魏在百家镇置南和县以拒刘宋。其后,似乎在此地又设置过郡。魏晋南北朝设南和县时期，这里阁楼重重，商品发达，经济繁荣。曾是晋王朝的陪都，胜极一时。有史可考，凡设县的地方城外都建有泰山庙，百家亦是如此，在当时的古街道上有建城隍庙的遗迹。隋大业年间，由于当时统治者笃信佛教，百家建有好多寺庙宫观，供过往的商客观光览胜和避暑纳凉。
唐贞观盛世时期，亭台轩榭，修有城墙和护城河，四方商贾云集络绎，有早期集市的繁华迹象，是通往大唐长安和西域的重要通道，同时也是古丝绸之路和茶马古道上的一颗璀璨明珠。
宋朝时期文化繁荣，当时集市的规模已形成，有城纵半里，横两里，陕客商贸易于此的说法。可见当时的辉煌。元朝初期划归古上邽，有少数回族迁徙于此，成了回汉同居的古镇。
清水现存《鲁恭姬造像碑》中有“南阳郡”、“太守”字样, 其时的郡县大小相差无几, 南阳郡可能是北周南和县的更名而已。秦亭镇莜麦岭龙头观存有明代《南瞻部州记事碑》。 该碑有“大明国陕西等处承宣布政使司巩昌府秦州清水县百家镇南阳铺松树岭龙头山”字样。 这里明确记载着百家村的隶属关系。 这些地域文化的名片, 历史脚步的化石存留着百家由镇变县, 由县变郡, 由郡变镇的演变印记。正因为有这样的历史沉淀，所以才有了“先有百家站,后有清水县”的说法, 足见百家历史之悠久。
民国时期，设百家镇，当时人才辈出，有晚清乡贤举人，政府专员等等。解放战争后期，王震将军率部队过百家，并在百家镇戏楼广场召开百家会议。后经大震关，至马鹿，消灭国民党马步芳余部和当地的土匪恶霸，凯旋挥师在百家镇宣布清水解放，后设百家公社，一直以来有饥民难民迁徙于此，当时团结，友好，亲和，融合，包容成了百家的代名词。
1979年设百家乡，百家村为当时行政所在地。1985年举办清水县黄牛大奖赛和物资交流会，正式设立集市，把农历三、六、九日设成逢集日。2004年撤乡并镇，与秦亭乡合并。
